案例一：

某高新技术药企申报研发费用超千万元，委托研发费占比80%触发预警。经查，受托研发公司为空壳公司，19名“研发人员”实为货运司机，无医药背景。资金经空壳公司、劳务派遣公司回流药企，造成税款流失233.99万元、骗取政府补助20万元。最终相关公司被罚116.99万元，负责人被列为失信主体，11名涉案人员落网，案件移交司法机关。

案例二：

某企业以“黄金提纯研发”为由，虚列8000余万元材料支出谎称高损耗（黄金提纯损耗通常低于0.1%）。稽查人员通过第三方提纯机构证实，黄金无显著损耗、足额返还，查实企业少缴所得税1621.16万元。企业拒认违法，最终被追缴税款、滞纳金及罚款共计3618.15万元。

案例三：

某生态肥业将简单工艺改进包装成研发项目，研发与生产能耗无法区分，且违规享受高新技术企业等优惠，还存在偷税行为。最终被合计罚款32.38万元，需调减加计扣除、补缴税款。

案例四：
某焦煤企业虚报研发电费、材料费等虚增成本，违规享受加计扣除，查实少缴所得税796万元。稽查人员通过台账比对、数据验证锁定证据，企业最终被追缴税款、滞纳金及罚款共计1354万元。